Vous débutez le jeu en contrôlant Link dans un temple. Avancez tout le long du chemin pour apprendre les mouvements possibles. Détruisez les ennemis sur votre route en utilisant votre bouclier pour les déstabiliser et agissez ensuite avec votre épée.

Au bout de ce long chemin d'apprentissage, après avoir grimpé un escalier avec de la brume violette, vous serez déjà face à Ganon. Il aura 2 attaques. La première consiste à vous courir dessus avec son arme d'un coup. La seconde est un jeu d'échange de boule d'énergie à se renvoyer à chaque partie adverse.

Une fois battu, Ganon disparait dans un nuage de poussière en laissant son arme planté dans le sol. Et c'est depuis son arme qu'une faille apparaît sous vos pieds, vous faisant disparaître dans cette faille. Vous avez toutefois juste le temps de décocher une flèche vers Zelda enfermée dans un cristal violet. Une fois Link disparu, vous prenez le contrôle de Zelda. Appuyez plusieurs fois sur le bouton B afin de casser le cristal pour vous libérer.

Une fois libre de vos mouvements, en avançant tout en faisant le tour de la faille, vous verrez un point de lumière jaune aller vers la cape que Link a mis par terre. Ramassez-le et la faille commencera à grandir, au point que vous devez fuir très vite !

Au bout du chemin, quand vous finissez dehors, la faille s'arrête à vos pieds, vous permettant de continuer votre route tranquillement. Deux soldats viennent vous récupérer pour vous rendre à la citadelle d'Hyrule.

Après avoir parlé à la population rassemblée autour de vous, prenez la direction de l'intérieur du château d'Hyrule. Vous y croiserez dame Impa et, tout au bout du chemin, croiserez le Général Dex, le Ministre Sénèce et votre père le Roi d'Hyrule.

Pendant votre discussion, une faille va engloutir le trône du roi ainsi que les 3 protagonistes, dont leurs visages vont être usurpés par des identités inconnues. Le roi imposteur va vous faire mettre au cachot et vous devrez vous enfuir.

Mais avant de pouvoir vous évader, une lueur lumineuse croise votre chemin. Celui-ci se nomme Tri et va vous accompagner tout le long de votre aventure. Une fois que Tri vous aura prêté son pouvoir via un sceptre, vous pourrez dupliquer tout ce qui est possible, vous permettant de les reproduire comme bon vous semble. Mémorisez la table afin de pouvoir la reproduire. Toute reproduction se nomme un écho. Maintenant, pour sortir de votre cellule, poussez la table vers la gauche et montez dessus pour monter sur le meuble fixé au mur. Allez en haut de ce meuble et tournez-vous vers le bas afin de faire un écho de la table. Sautez dessus et passez dans la cellule à côté. Sortez de la cellule et allez sur la gauche dans la salle suivante.

Ici, vous devez passer la salle sans vous faire repérer. Pour cela, au premier angle, faites une pyramide de tables afin de monter par-dessus les meubles.

Descendez à gauche et créer un écho de la caisse en bois. Suivez un des deux gardes sans être trop près ni trop loin pour pas être vu par le garde suiveur. Montez l'escalier en bois et faite un écho du pot du château d'Hyrule. Prenez un des pots et jetez-le dans une direction pour que le garde de gauche bouge et que vous puissiez passer sans vous faire repérer le temps de son déplacement. Pour le dernier garde, attendez qu'il parte dans un sens pour passer dans son dos.

Quand vous serez dans la salle suivante, vous croiserez dame Impa. Vous lui apprendrez ce qui s'est passé et elle se chargera d'un groupe de soldats arrivé dans le même temps, vous aidant à fuir. Montez les escaliers et mémorisez une des plantes décoratives. Au bout du chemin, faites deux échos de la plante décorative afin de créer une ligne de plantes en haut de la salle et montez l'échelle en bois pour marcher sur les plantes.

Ensuite, profitez-en pour mémoriser le vieux lit, il vous sera très pratique. Remontez sur les meubles et, tout en haut, faites un escaliers de vieux lits afin de pouvoir sortir du château. Dehors, profitez de faire quelques pirouettes pour couper les herbes et glaner vos premiers rubis. Tombez dans le puits pour arriver dans le passage secret royal. Apprenez à vous diriger dans les zones d'eau et continuez votre route en mémorisant le rocher sur votre chemin. Poussez le rocher pour le faire tomber et continuez. Au moment où vous aurez 3 caisses en bois vous bloquant le passage, posez un écho d'un rocher sur une des caisses en bois pour la faire couler.

Une fois sorti du passage, puis remontez sur la terre ferme et vous verrez sortir depuis la porte nord de la vapeur voilette : une autre faille se trouve dans le coin et vous allez aussi devoir la fuir.

Une fois la fuite terminée, vous vous retrouvez sur un coin de plage. Mémorisez la pierre et sortez pour vous retrouver sur la Plage d'Ussude.