Au cours de votre périple à travers Hyrule, vous découvrirez plusieurs grottes secrètes renfermant des Fées ou des Grandes Fées. Toutes vous seront utiles, voire indispensables pour certaines, en vue de l'accomplissement de votre quête. Restez donc très vigilant vis-à-vis de tout signe ou message qui pourrait vous conduire jusqu'à l'une d'elles.

En 5 lieux (l'une d'entre elles comptent double), vous pourrez rencontrer une Grande Fée qui vous soignera. Elles peuvent également vous faire des présents, sous la forme de nouvelles attaques, de nouveaux sorts ou d'améliorations diverses. Si vous entrez dans leurs sanctuaires, pensez à jouer la « Berceuse de Zelda » sur votre Ocarina lorsque vous approchez du symbole de la Triforce. Même après avoir reçu un présent de la part d'une Grande Fée, vous pouvez retourner la voir aussi souvent que vous le souhaitez pour qu'elle soigne vos blessures.

Elle est cachée derrière un mur en pierre au sommet du Cratère du Péril. La Grande Fée qui s'y abrite vous apprendra à donner un coup d'Épée Tournoyant Chargé. Remarquez que cela consomme de la Magie. Pour accéder à cette Fontaine, vous devez disposer d'un Sac de Bombes.

Si vous avez le Sac de Bombes, vous pouvez disposer du rocher qui obstrue l'entrée de la caverne abritant cette Fontaine. Vous trouverez ce rocher au bout du cul-de-sac de la route qui mène au Château d'Hyrule. La Grande Fée donne à Link le cristal contenant le pouvoir du Feu de Din. Ce sort permet de lancer une attaque contre vos ennemis, et lorsque Link est adulte, il lui permet d'allumer simultanément plusieurs torches.

Dans le Domaine Zora, un des lieux s'appelle la Fontaine Zora. Vous verrez sur la droite de l'entrée un pan de rocher alignés le long d'un mur. Posez une Bombe contre l'un des rochers pour que le mur s'effondre et vous découvrirez un tunnel. Suivez ce tunnel jusqu'à la Fontaine. La Grande Fée vous donnera le cristal du Vent de Farore. Ce sort, qui ne fonctionnent que dans les Donjons possédant une Carte dans un de ces coffres, vous permet de placer, d'utiliser et de conjurer des Points de Téléportation.

À l'aide de la Masse des Titans, vous pourrez fracasser les rochers qui bloquent l'accès à cette Fontaine profondément enterré sous le Cratère du Péril. La Grande Fée double alors la capacité de votre Compteur de Magie, ce qui vous permet de lancer plus de sorts. Assurez-vous de lui rendre visite avant d'aller chercher le Monocle de Vérité !

Pour trouver cette Fontaine, observez les murs qui entourent le Colosse du Désert. Sur l'un d'eux, plusieurs fissures signalent l'entrée de la Fontaine. La Grande Fée vous offre le dernier cristal magique, qui renferment le sort « Amour de Nayru ». Sa magie vous enveloppe d'un Bouclier Magique.

Grâce aux Gantelets d'Or, vous pouvez déplacer l'énorme bloc de pierre qui barre l'entrée de la dernière Fontaine de la Divine Fées. Enfant, c'est ici que Link avait reçu le Feu de Din : devenu adulte, il se voit octroyer une amélioration de sa défense réduisant de moitié les dégâts que lui font subir les attaques de ses ennemis.

Au cours de votre voyage, vous trouvez sur votre chemin de petits cavités ou des cavernes qui conduisent à des havres de santé et de bien-être; ces lieux sont habités par les Esprits luminescents des Fées. Vous pouvez vous laisser envelopper par leur pouvoir curatif ou mettre à profit ces visites pour remplir des Bouteilles de cette faculté de soigner et de revigorer les Cœurs. Voici comment vous devez procéder.

Au terme du labyrinthe de verdure, avant que vous montiez les marches qui mènent au Temple de la Forêt, vous trouvez une échelle qui vous permet d'atteindre le dessus du labyrinthe. Si vous ne prenez pas garde, vous tombez dans le carré qui vous fait face, et où un trou vous conduit directement à une Fontaine des Fées.

Dans la 1ère rangée de tombes, vous remarquez que l'un des sépultures est couverte de plantes aux couleurs vives. Retirez la pierre tombale et vous découvrez une salle exiguë contenant un Coffre et dont l'un des murs présente une apparence très suspecte. Faites exploser cette paroi et pénétrez dans le halo rose d'une Fontaine des Fées.

À l'ouest des remparts du Château coule un paisible ruisseau abritant une petite île. Quand Link est enfant, un Peahat monte la garde. Faites exploser l'unique rocher de l'île afin de faire apparaître un trou caché.

Au milieu du Fleuve, une plate-forme est perchée en hauteur. Escaladez l'échelle qui est derrière (enfant, vous avez besoin du volatile pour vous aider à planer jusque-là) et, une fois parvenu au sommet, vous découvrez un mystérieux cercle formé de rochers. Placez une Bombe en son centre et une cavité apparaîtra.

Si la Pierre de Souffrance est en votre possession quand les Voleuses Gerudo capturent Link adulte, vous ne manquerez pas de remarquer les signes révélateurs qui indiquent l'emplacement d'un trou caché, dès que vous entrez dans la cour, au centre de leur repaire.

Navi verdit d'excitation quand vous pénétrez dans cet oasis asséché. Jouez le "Chant des Tempêtes" en vous plaçant sur la dalle qui est à proximité et le bassin se remplit d'eau... et de Fées. Cette Fontaine des Fées, c'est vous-même qui la créez.