Link, horrifié, apprend qu'un monstre est apparu dans le puits du Village de Cocorico. Il retourne à Cocorico juste à temps pour voir les flammes embraser ce lieu autrefois si paisible. Alors qu'il observe l'incendie, il aperçoit Sheik non loin du puits. Soudain, un tourbillon soulève Sheik et l'envoie rouler au sol.

Link se précipite pour aider Sheik et aperçoit une étrange silhouette qui sort du puits et se met à courir dans tout le Village comme si elle cherchait quelque chose. Link se prépare à combattre cette monstrueuse créature qui se rue sur lui mais il perd connaissance.

Lorsque notre héros retrouve ses sens, Sheik lui apprend que malgré le sceau qu'Impa avait placé sur le puits pour empêcher les créatures du Royaume de l'Ombre d'atteindre Hyrule, l'Esprit de l'Ombre était devenu si puissant qu'il était parvenu à briser le sceau ! Il donne à Link l'emplacement de l'entrée du Royaume de l'Ombre et lui apprend la mélodie qui permet de l'atteindre : le « Nocturne de l'Ombre ».

En entrant dans le Temple de l'Ombre, Link découvre que pour progresser plus avant, il lui faudra le Feu de Din pour allumer les torches en chemin et entrer dans le Temple lui-même. Il aura également besoin du Monocle de Vérité, un objet magique très ancien qui lui permettra de voir les choses telles qu'elles sont réellement, au-delà de leurs apparences.

Pour passer la première pièce qui mène du Cimetière au Temple de l'Ombre, vous devez disposer dans votre inventaire du Feu de Din. Si vous ne connaissez pas encore ce sort, vous devez remonter dans le temps et vous rendre à la Fontaine de la Fée Divine du Château d'Hyrule. Pour libérer le passage qui mène à la Fontaine, posez une Bombe devant le rocher. En plus de vous apprendre le sort du Feu de Din, la Fée Divine régénère votre compteur de magie et votre énergie Vitale.

Lorsque vous descendez dans le puits, vous trouvez un mur de pierre qui bloque le passage. En parlant avec les habitants de Cocorico, vous apprenez que le musicien du Moulin est très contrarié. Il y a 7 ans, un jeune garçon a en effet déclenché une tempête et le moulin a complètement vidé le puits...

Si vous sortez votre Ocarina devant le musicien du Moulin, il se souviendra de la mélodie qu'avait joué le « méchant garnement » sept ans auparavant. Apprenez cette mélodie. Sans elle, vous ne pourrez pas retourner dans le passé, ni vider le puits ni l'explorer.

Retournez au Temple du Temps : si vous abandonnez l'Épée de Légende, vous redevenez un jeune garçon. Repartez au Village Cocorico, entrez dans le moulin et jouez la mélodie que vous y avez apprise. Jouez le « Chant des Tempêtes » devant le musicien du Moulin.

La tempête qui se lève fait tourner les pales du moulin de plus en plus vite, vidant ainsi le puits de toute son eau. Une fois le puits asséché, vous pouvez l'explorer et découvrir un indice qui mène à la créature qui s'en est échappé.