Détruisez la grande porte de bois (au sud de la Forteresse Maudite) à l'aide du Canon puis passez par l'ouverture. Comme lors de votre première venue, vous devez accéder à la Tour Principale. Cette fois-ci par contre, vous pouvez ignorer les projecteurs.

Commencez par grimper les marches qui mènent à la place principale. L'escalier suivant étant bloqué par d'étranges clous barbelés, dirigez-vous vers la grande porte : vous êtes alors attaqué par un puissant adversaire.

Le Fantôme de Ganon flotte dans les airs et jette une sphère de lumière vers vous. Ciblez-la et essayez de retourner le globe à l'envoyeur avec votre Épée. Vous vous lancez dans un échange de « ping-pong » : frappez l'orbe sans relâche, jusqu'à ce qu'il atteigne l'ennemi. Méfiez-vous, car la vitesse de la boule augmente après chaque coup.

Le monstre tombe à terre lorsque vous réussissez à le toucher. Courez vers lui et frappez-le aussi rapidement que possible. N'hésitez pas à effectuer une attaque sautée pour vous rapprocher, puis un enchaînement.

De temps en temps, le Fantôme de Ganon disparaît et réapparaît derrière Link : il est alors possible de le blesser directement ; appuyez sur A au moment approprié afin d'exécuter une technique spéciale. Si vous n'arrivez pas à renvoyer l'orbe, esquivez tous les tirs de l'adversaire et attendez qu'il se téléporte derrière votre personnage pour attaquer. Votre victoire est récompensée par un nouvel accessoire : la Masse.

Grâce à la Masse, vous pouvez enfoncer les clous barbelés dans le sol. Grimpez les marches et passez par la porte située sous l'arche : vous arrivez dans la Salle de la Carte. Sortez puis avancez tout droit dans le couloir, jusqu'à la pièce suivante.

Les lanternes ayant disparu, vous devez utiliser la Feuille Mojo pour atteindre la plate-forme de l'autre côté. Libérez le chemin avec la Masse et suivez le passage jusqu'à la salle suivante : dans cette dernière, longez le chemin de bois du côté gauche et ouvrez la grande porte sur la gauche (en haut des marches). Notez que vous n'êtes pas obligé de vous cacher lorsque vous croisez un garde puisque vous ne risquez plus d'être emprisonné.

Continuez en direction de la tour. Les projecteurs étant allumés, vous allez essuyer des tirs de canon si vous marchez sur la margelle (que vous aviez dû longer lors de votre première venue sur l'île). Par conséquent, planez tout simplement au-dessus des deux précipices : assurez-vous pour cela que le vent souffle dans la bonne direction. Devant la grande porte, enfoncez l'interrupteur au sol avec la Masse avant d'aller secourir les captives.

À la fin de la séquence vidéo, Link se retrouve seul alors que l'eau monte dangereusement. Courez vite sur la passerelle en spirale. Évitez les monstres, sans vous préoccuper de l'oiseau géant : il ne vous gênera pas, à condition bien sûr que vous soyez suffisamment rapide. Si jamais vous glissez du pont, remontez à l'aide du Grappin-Griffe. Le volatile vous attend au sommet.

Frappez son bec à coups de Masse et préparez-vous pour la bataille finale qui va se dérouler sur le toit.

Lorsque l'oiseau atterrit sur le toit, vous pouvez éviter tout danger en vous abritant entre ses serres : il se met à agiter furieusement les pattes avant de s'envoler à nouveau.

Il est toutefois préférable de rester en face du Roi Cuirassé. Faites un pas sur le côté au moment où le monstre plante son bec dans le sol : à cet instant précis, donnez-lui un bon coup de Masse sur le crâne. Répétez cette manœuvre jusqu'à ce que le masque de la créature soit détruit. Il ne vous reste alors qu'à l'attaquer au niveau de la tête avec votre Épée. N'oubliez pas par ailleurs que le volatile est vulnérable aux flèches lorsqu'il est en vol.

De temps en temps, l'ennemi fait une descente en piqué en essayant de vous éperonner Évitez-le en vous plaçant entre ses serres.

Votre adversaire agite aussi parfois ses ailes en vue de pousser Link contre les pieux, au bord de la surface de combat : courez alors tout simplement contre le vent...

Après la bataille, vous obtenez un nouveau Réceptacle de Cœur. Suivez le chemin menant vers le haut de la tour et pénétrez dans l'édifice.