L'histoire commence juste après de celle de The Wind Waker, avec Link et les pirates à bord de leur bateau. Link se réveille et remarque que le ciel s'assombrit avec un épais brouillard. Un bateau fantôme apparaît alors. Tetra saute à bord de ce dernier et Link tente de la suivre pour finalement tomber à l'eau. Et le jeu commence maintenant.

Vous n'avez pas d'Épée sur vous, essayez les quelques mouvements que vous devez apprendre afin de vous familiariser avec le jeu. Une fois que vous vous sentez prêt, rendez-vous dans la maison que Ciela (votre fée) vous a indiqué (la maison tout au nord de la zone où vous êtes). Grand-Papy se trouve sur place. Parlez-lui et quand il vous aura indiqué où se trouve Linebeck (ce personnage se trouve au port), sortez.

Une fois sorti, allez sur votre droite et un tremblement de terre se fait sentir. Ceci passé, continuez vers l'est et parlez à la personne se trouvant au bord de l'eau. Retournez voir Grand-Papy et il vous indiquera qu'un autre chemin existe, mais truffé de monstres. Allez prendre ce chemin et une fois sur place, Ciela vous indiquera la présence d'ennemis et vous indique que vous ne possédez aucune arme pour les vaincre. Revenez en arrière et retournez voir Siwan. Celui-ci vous grondera car vous avez tenté de passer par le chemin infesté d'ennemis.

Ressortez et Ciela vous indiquera qu'il vous faut une Épée pour vaincre les ennemis du chemin au nord. De là, allez vers les tonneaux sur la droite. Dégagez l'entrée de la caverne et entrez-y dedans. Dans cette caverne, lisez le panneau et Ciela vous indiquera qu'il vous faut compter le nombre de palmiers présents sur la plage (sans en être certaine). Retournez sur la plage et comptez le nombre de palmiers que vous pouvez voir (allez, je vous donne ce chiffre, c'est bien le but de la solution : 7).

Une fois le nombre de palmiers compté, retournez dans la caverne et lisez le panneau jusqu'à ce qu'il soit entièrement visible sur l'écran tactile. Sur ce panneau, dessinez un 7 en partant d'en haut à gauche pour ouvrir la porte. Ouvrez le coffre se trouvant derrière la porte ouverte afin d'obtenir l'Épée de Siwan. Vous pouvez lire le contenu du livre si vous le souhaitez.

En sortant de la caverne, Siwan vous remontera les bretelles mais se rend compte que vous êtes déterminés à vouloir emprunter le chemin au nord. Ce dernier a quelques enseignements à vous fournir à propos de votre nouvelle arme. Chez lui, parlez-lui et il vous enseignera les coups possibles. Pour chaque technique, 4 cibles apparaîtront, vous devez les frapper comme indiqué. Ressortez pour la dernière fois de chez Siwan.

Et maintenant, que faire ? Vous devrez vous en souvenir : allez emprunter le chemin au nord. Détruisez les ennemis sur place et entrez dans la caverne au bout du chemin.

Dans la caverne, retirez les rochers de votre chemin et continuez. Passez devant la porte fermée à clé et tuez les ennemis qui apparaissent. Une fois fait, ouvrez le coffre au nord et vous obtenez une Petite Clé. Allez ouvrir la porte fermée précédente et avancez.

Ici, vous devrez tirer les 4 leviers rouges en haut dans le bon ordre. Et pour réaliser cela, nous allons partir à la recherche d'indices. Allez sur votre droite et poussez le rocher. Tuez les ennemis, ouvrez le Coffre pour obtenir 20 Rubis et lisez la pierre à gauche du coffre. Celui-ci vous donnera une partie de l'ordre dans lequel il faut tirer les leviers. Notez l'ordre sur votre carte !

Ensuite, retournez dans la salle aux 4 leviers et allez de la même façon sur la gauche. Ici, lisez le pierre et vous aurez l'ordre pour un troisième levier. Pour le quatrième, il suffit d'avoir un peu de logique. Retournez dans la salle aux leviers et tirez-les dans l'ordre que vous avez découvert (2e à gauche, 1er à gauche, 2e à droite et 1er à droite). Une fois fait, prenez la Petite Clé et ouvrez la porte au nord.

Ici, détruisez tous les rats sauf celui avec la clé (vous ne pourrez pas l'atteindre de toute façon pour le moment). Une fois fait, prenez le bloc carré et poussez-le devant le trou au-dessus. Ensuite, allez au sud-est de la carte et regardez attentivement la carte. Quand le rat (symbolisé par une clé) se déplace vers le bloc que vous avez placé pour boucher le trou au mur, suivez-le et détruisez-le afin de lui prendre la Petite Clé. Avec cette dernière, ouvrez la porte afin de continuer votre chemin jusqu'à la sortie.

Maintenant que vous êtes sorti de la caverne, vous devez trouver le « vantard doublé d'une poule mouillée », Linebeck. Rendez-vous au Port, mais Linebeck s'y trouve pas d'après la personne à côté du bateau. Il vous conseille de vous rendre dans la taverne. Pour cela, vous devez trouver une maison avec un morceau de gâteau et une bouteille de vin dessiné sur l'enseigne (une maison allongé avec la porte sur la gauche). Parlez au tavernier et celui-ci vous indiquera que Linebeck vient de partir pour le Temple du Roi des Mers (en haut à gauche sur votre carte). allez-y par le chemin au nord-est du port.

Suivez le chemin et vous arriverez devant le Temple du Roi des Mers. Entrez dedans.