Au cours de vos voyages dans les contrées les plus reculées d'Hyrule, vous croiserez parfois la route de majestueux dragons, tous impliqués dans des quêtes de sanctuaires spécifiques. Notez que les dragons apparaissent plus fréquemment au lever du jour.

Rendez-vous au lever du jour sur l'un des lieux que survole régulièrement le dragon que vous traquez, et attendez patiemment qu'il daigne se montrer. En règle générale, la créature surgit au dans le ciel, avant de descendre à votre portée. Approchez-vous d'elle en vous envolant sur les courants ascendants qu'elle génère, puis frappez-la avec une flèche. Essayez de ne pas perdre de vue l'objet brillant qui se détache alors de son corps : il s'agit de votre butin. Notez que votre attaque a pour effet de déclencher le courroux du dragon, qui vous prend pour cible en tirant des projectiles.

Vous ne pouvez obtenir qu'un seul butin à chaque rencontre avec un dragon, la nature de votre récompense dépendant de la partie du corps que vous touchez. Les objets relâchés par les dragons sont dotés d'une propriété unique : mélangés à d'autres ingrédients, ils permettent d'augmenter la durée des effets conférés par la nourriture que vous cuisinez. Les plates et les remèdes qui bénéficient d'un tel bonus peuvent s'avérer très utile lorsque vous vous aventurez dans une région dangereuse, ou que vous livrez de longs combats contre des adversaires extrêmement coriaces.