La première chose que vous remarquerez peut-être est que l'école est enfin ouverte. Rendez-vous à l'intérieur et retournez l'urne pour vous rétrécir. Prenez la sortie en bas à droite de la salle de classe et dirigez-vous vers le chemin des fleurs, il y a un coffre dessus que vous pouvez obtenir contenant un Fragment du Bonheur rouge. Retournez dans la salle de classe toujours de taille minish et prenez la sortie en bas à gauche. Montez les escaliers pour atteindre le toit et revenez à la taille normale. Ouvrez le coffre pour obtenir un Fragment du Bonheur rouge, puis redevenez « Minish » à nouveau. Quittez l'école et entrez dans le grand bâtiment sur le côté droit de la ville. Montez à l'échelle et équipez votre lanterne de flammes. Allumez les deux torches pour ouvrir la porte et sortez pour récupérer le Fragment du Bonheur rouge. Montez à l'étage dans la bibliothèque et devenez « Minish ». Descendez les escaliers sur le côté du bâtiment et entrez dans l'eau à gauche, puis montez dans la grotte. Lorsque vous atteignez un croisement, allez à gauche pour trouver un coffre, vous pouvez faire fondre la glace du coffre pour obtenir 100 Coquillages Surprises. Quittez maintenant la ville par la sortie nord et dirigez-vous vers les Jardins du château d'Hyrule.

Retournez au dojo de Kusshin en descendant l'échelle au sud-est des jardins. Allumez les torches dans son dojo, puis parlez-lui. Il vous apprend la Lame Rayonnante et vous donne le Précis d'Escrime correspondant. Quittez le dojo et dirigez-vous vers le côté gauche du jardin. Si les gardes vous attrapent, ils vous jettent dehors, mais ils ont le dos tourné la plupart du temps. Lorsque vous arrivez à l'autre bout, descendez les escaliers et attrapez certaines de ces fées dans vos deux bouteilles. Une fois que vous êtes ressorti et que vous avez coupé l'herbe sur votre gauche, cela révélera une échelle à descendre. Appuyez sur l'interrupteur au bout de la salle et entrez dans le château d'Hyrule. Montez dans le Sanctuaire et placez votre épée sur le piédestal. Après avoir appris à se diviser en trois, il est temps de quitter le château. Retournez dans la Plaine d'Hyrule nord dans le coin nord-ouest.

Descendez l'échelle ici et créez deux clones au-dessus ou en dessous de vous. Utilisez-les pour pousser le gros rocher vers la gauche. De l'autre côté, montez l'échelle et ouvrez le coffre au-dessus de vous pour obtenir 200 Coquillages Surprises. Il est maintenant temps d'entrer dans la Vallée des Rois que vous trouverez directement à l'ouest.

Suivez le chemin en bas du premier escalier pour trouver une zone de mur entre deux poteaux de clôture qui peut être explosée avec une bombe. Entrez-y pour trouver une source. Répondez correctement à toutes ses questions (les réponses sont « non », « non », « oui », « non » et « non ») pour obtenir un Grand Carquois. Quittez maintenant la grotte et suivez le chemin jusqu'à un croisement auquel vous devez aller au nord. Maintenant, c'est là qu'il faut faire attention car ce lieu est un labyrinthe. Vous pouvez suivre les panneaux directement ou simplement suivre les directions suivantes : « haut », « gauche » , « gauche », « haut », « droite », « haut ». Sur l'écran suivant, qui devrait être le cimetière, dirigez-vous tout à l'est et parlez au fossoyeur dans la maison pour obtenir la Clé du Cimetière. Quand vous quittez la maison du fossoyeur, un corbeau vous vole la clé ! C'est l'un des seuls moments de tout le jeu où vous devrez retirer votre épée, de mettre les Bottes de Pégase d'un côté et la Lanterne de l'autre et de foncer dans l'arbre où se trouve le corbeau au sud-ouest. Il faut courir à distance, vous rapprocher trop près fait voler le corbeau. Une fois que vous avez repris la clé, approchez-vous de la porte et parlez au fossoyeur. La première pierre tombale directement au nord de la porte peut être poussée vers le haut. Ensuite, poussez celui dans le coin nord-ouest et descendez les escaliers qui sont apparus. Clonez-vous en trois et poussez le gros bloc vers la gauche pour obtenir un quart de cœur. Approchez-vous du fantôme dans le coin sud-ouest du cimetière et fusionnez les Fragments du Bonheur avec lui. Dirigez-vous maintenant vers le côté est et brisez toutes les roches pour révéler trois dalles. Créez deux clones et appuyez sur les interrupteurs dans la zone centrale supérieure pour révéler l'entrée de la Tombe des Rois.

Éliminez les deux ennemis à l'entrée pour obtenir une petite clé. Entrez dans la salle suivante et saisissez le champignon de gauche pour vous lancer à travers. Les portes de gauche et droite sont fausses, utilisez votre clé sur la porte du milieu. Dans cette salle, dirigez-vous vers la droite et vers le bas. Montez sur les plates-formes de clonage et montez en faisant attention à l'objet à pointes en mouvement. Montez sur les boutons en haut et prenez la petite clé. Ensuite, dirigez-vous vers le côté gauche de la salle et montez sur les dalles. Créez vos clones au moment où les plates-formes sont en mouvement. Déplacez-vous à gauche et à droite si nécessaire pour éviter d'être touché et, au bout, marchez sur les trois interrupteurs pour révéler une petite clé. Revenez au milieu et utilisez les deux clés sur les blocs qui se trouvent sur votre chemin. Descendez les escaliers et dirigez-vous tout en haut en faisant attention aux ennemis qui vous foncent dessus. Continuez vers le nord dans une salle où vous trouverez quatre torches éteintes. Allumez-les les quatre torches pour révéler les mini-bosses, deux momies, qui ne sont pas trop difficiles à vaincre (les mêmes que ceux que vous avez croisés à l'entrée). Une fois vaincu, allez vers le nord. Approchez-vous de la tablette au nord pour rencontrer le roi Gustave. Il vous donne le Fragment du Bonheur doré pour vous aider dans votre quête pour sauver Zelda. Maintenant que vous en avez fini ici, utilisez votre Ocarina du Vent pour retourner à la Cité d'Hyrule et sauvegarder.

Dirigez-vous vers la Plaine d'Hyrule nord et prenez la sortie au nord-est pour rejoindre la Cascade de Sera. Descendez par-dessus bord et prenez le quart de cœur. Sortez de l'eau et montez, fusionnez votre Fragment du Bonheur doré avec la porte et entrez dans la grotte qui s'est ouverte. Équipez-vous avec la lanterne et dirigez-vous vers les escaliers allant en haut. En haut, prenez vos bombes et bombardez le mur en haut à droite entre les pierres, passez la nouvelle ouverture pour trouver un coffre contenant 50 coquillages surprises. Montez les escaliers jusqu'au sommet et dupliquez-vous en trois, poussez le gros bloc vers le bas et sortez pour trouver un coffre contenant 100 coquillages surprises. Redescendez quelques étages en dessous et dirigez-vous vers le sud pour sortir. Montez sur le mur sur votre droite et examinez la pierre sur vous gauche pour révéler un point de téléportation. Entrez dans la grotte au nord et équipez-vous de vos bombes, bombardez le mur fissuré à droite pour révéler une salle secrète avec un coffre à l'intérieur contenant 50 coquillages surprises. Quittez la salle et prenez les escaliers menant à l'étage supérieur pour trouver un autre coffre avec 100 rubis. Maintenant, prenez la sortie en bas à droite. Grimpez pour atteindre la Source Sera et sautez dans la tornade.